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관세조사 중 납세자 권리보호 강화, 의견진술 서식·통지 의무화

2026-10-14 · 율암합동관세사무소

관세청이 납세자 권리보호 제도를 손봤습니다. 관세조사 과정에서 납세자가 의견을 낼 수 있는 절차가 구체화되었고, 권리보호 요청이 받아들여지는 비율도 크게 높아졌습니다.

관세조사를 앞두고 있거나 진행 중인 기업이라면, 조사 도중에 쓸 수 있는 제도가 무엇인지 알아 두는 것만으로도 대응이 달라집니다.

무엇이 달라졌나

구분	개선 내용
의견진술권	고시 개정으로 의견진술 신청서 서식 마련, 신청 접수 시 통지 의무 신설
위원회 운영	회의마다 위원 제척·회피 사전진단서 배포를 제도화
업무 처리	온라인 납세자보호 시스템 도입으로 처리 자동화
담당자 교육	관세조사·납세자보호 담당 직원 정기 교육

권리보호 업무 처리 건수는 2023년 50건에서 2025년 71건으로 늘었고, 인용률은 28.0%에서 61.9%로 올랐습니다. 2025년 71건의 내역은 권리보호요청 42건, 제도개선 21건, 고충민원 7건, 관세조사 범위 확대 1건입니다. 납세자보호위원회는 위원 11명 중 10명이 외부위원입니다.

실무 쟁점

의견진술은 이제 서식으로 신청합니다: 종전에는 의견진술권이 있다는 안내에 그쳤습니다. 이제는 신청서 서식이 있고, 세관은 신청을 받으면 통지해야 합니다. 진술할 내용과 근거 자료를 미리 정리해 두는 것이 중요해졌습니다.
인용률이 크게 올랐습니다: 2023년에는 처리된 건 10건 중 3건 정도가 받아들여졌지만, 2025년에는 6건 이상이 받아들여졌습니다. 조사 과정에서 부당하다고 느끼는 부분이 있다면 제도를 쓰는 것이 현실적인 선택지가 되었습니다.
관세조사 범위 확대도 심의 대상입니다: 2025년 처리 건 중에는 관세조사 범위 확대 1건이 포함되어 있습니다. 조사 대상 기간이나 항목이 늘어나는 단계도 납세자보호 절차와 연결되어 있다는 뜻입니다.

놓치기 쉬운 문제점

관세청 납세자보호위원장들도 제도를 몰라서 이용하지 못하는 납세자가 있다는 점을 짚었습니다. 실제로 많은 기업이 조사가 끝난 뒤에야 불복 절차를 찾습니다.

권리보호 요청과 의견진술은 조사가 진행되는 도중에 쓰는 제도입니다. 결과가 나온 뒤에는 과세전적부심사나 이의신청·심사청구·심판청구 같은 사후 구제 절차로 넘어가게 되고, 준비할 것도 달라집니다.

해결방안

확인 항목	준비 방법
조사 사전통지	조사 기간·대상 항목·범위를 확인하고 자료 제출 계획 수립
의견진술	쟁점별로 법령·고시 근거와 증빙을 정리해 서식으로 신청
권리보호 요청	조사 범위를 벗어난 요구나 절차상 문제가 있으면 납세자보호관에게 요청
조사 결과 통지	과세전적부심사 등 다음 단계 절차와 기한 확인
대화 기록	조사 중 요청 자료와 답변 내역을 날짜별로 보관

율암합동관세사무소는 관세조사·기업심사 대응, 의견진술서 작성, 납세자보호관 권리보호 요청, 과세전적부심사 등 사후 구제 절차를 지원합니다.

[출처: 관세청 보도자료 「관세청, 납세자의 효능감 제고를 위해 권리보호 제도 개편 논의」(2026.9.16.)]

관세조사 사전통지를 받으셨거나 조사 중 요구받은 자료가 부담스럽다면, 통지서와 요청 목록만 보내주셔도 대응 순서와 쓸 수 있는 제도를 정리해 드립니다.
📞 율암합동관세사무소 서울본점 02-2039-1063 / 의정부점 031-928-5547