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관세조사 운영 방향 재정립, 수입기업이 대비할 점

2026-10-11 · 율암합동관세사무소

관세청이 9월 7일 「전국 관세조사 관계관 회의」를 열고, 올해 관세조사 실적을 점검하며 운영 방향을 다시 정했습니다. 발표된 지 한 달쯤 지났지만, 하반기 이후 관세조사가 어디에 집중될지를 보여주는 자료라 정리해 드립니다.

핵심은 조사 범위가 '세금 탈루'에서 '수출입 공급망 전반'으로 넓어진다는 점입니다. 세금을 제대로 냈더라도 수입요건이나 원산지표시에서 문제가 생기면 조사에서 함께 지적될 수 있습니다.

올해 1~7월 관세조사 실적

구분	적발 금액	주요 사례(관세청 발표)
세액 탈루	1,760억 원	특수관계 수출자의 실제 마진을 빼고 저가신고(887억 원)
수입요건 준수 등 위반	7,377억 원	저세율을 적용받은 육류를 시중에 풀지 않고 창고에 보관(94억 원)
원산지표시 위반	1,623억 원	외국산 철제봉을 단순 절단한 뒤 원산지 미표시 판매(87억 원)
합계	1조 760억 원

적발 금액의 대부분(약 9천억 원)이 세금이 아닌 법규 위반이라는 점이 눈에 띕니다.

앞으로의 관세조사 방향

조사 범위를 탈세 대응에서 수출입 공급망 관리 전반으로 넓힙니다.
기업 소재지를 관할하는 권역세관 중심으로 납세관리체계를 바꿉니다.
'성실신고 확인제도', '자율심사제도' 등 기업이 스스로 참여하는 협력 프로그램을 확대합니다.
밥상물품·생활필수품 가격 상승 유발, 공공조달 물품 재정편취, 고가 사치품 조세회피, 가짜 니코틴 수입 탈세를 집중 단속합니다.
수입물품의 국산 둔갑(택갈이)과 원산지 허위표시를 고강도로 단속합니다.

실무 쟁점

특수관계 거래: 해외 본사·관계사에서 수입하는 경우, 거래가격에 수출자 마진이 제대로 반영됐는지가 쟁점이 됩니다. 이번 최대 적발 사례도 이 유형입니다.
조건부 저세율: 할당관세 등 조건이 붙은 저세율을 적용받았다면, 조건대로 사용·유통했는지까지 점검 대상입니다.
단순가공과 원산지: 절단 같은 단순가공만으로는 원산지가 바뀌지 않습니다. 가공 후 판매하는 물품의 원산지표시를 다시 확인해야 합니다.

놓치기 쉬운 문제점

관세조사는 대개 여러 해의 수입신고를 한꺼번에 봅니다. 한 번 굳어진 신고 방식이 잘못되었다면 그 기간 전체가 추징 대상이 될 수 있습니다.

반대로 기업이 먼저 오류를 찾아 수정신고하거나, 관세청이 확대하겠다는 자율심사·성실신고 확인 같은 협력 프로그램을 활용하면 대응 부담을 줄일 수 있습니다.

해결방안: 조사 전에 점검할 것

확인 항목	준비 방법
특수관계 거래가격	관계사 간 가격 결정 방식과 이전가격 자료가 관세 신고가격과 맞는지 대조
조건부 감면·저세율	할당관세·감면 물품의 사용·유통 내역과 증빙 정리
원산지표시	단순가공·재포장 후 판매 물품의 원산지표시 상태 점검
수입요건	요건 확인 대상 품목의 확인서류 보관 여부 점검
과거 신고 오류	발견 시 수정신고 등 자진 시정 방안 검토

[출처: 관세청 보도자료 「관세청, 「전국 관세조사 관계관 회의」 개최」, 2026.09.08]

율암합동관세사무소는 관세조사·기업심사 대응, 조사 전 사전 자체 점검, 특수관계 거래가격 검토, 수정신고·경정청구를 지원합니다. 관세조사 사전통지를 받으셨거나 최근 몇 년간의 신고가 걱정되신다면, 주요 수입 품목과 거래 구조만 알려주셔도 점검 우선순위를 정리해 드립니다.
📞 율암합동관세사무소 서울본점 02-2039-1063 / 의정부점 031-928-5547